Barokowe wyposazenia
Na początku XVIII wieku, dzięki hojności biskupa Ludwika Załuskiego, kolegiata otrzymała barokowe wyposażenie w postaci ołtarzy, ambony w kształcie łodzi oraz monumentalnych epitafiów członków rodu fundatora. Wyróżnia się także południowa kaplica ozdobiona około 580 flizami niderlandzkimi pochodzącymi z kaplicy zamkowej. Mają one w narożnikach charakterystyczne motywy tzw. pajęczych główek przedstawiające architekturę, krajobrazy, ludzi i zwierzęta. W pomocnej kaplicy znajduje się unikalny obraz, który ukazuje św. Wilgefortis - legendarną brodatą męczennicę. Historię sławnej szkoły pułtuskiej opisał jeden z jej uczniów, Wiktor Gomulicki, w książce Wspomnienia niebieskiego mundurka. Największy rozgłos towarzyszył jej w latach 1565-1773, kiedy kierowali nią ojcowie jezuici. Najznamienitsze polskie rody przysyłały tu swoich synów. Wykładowcami byli: Jakub Wujek - pierwszy tłumacz Biblii na język polski oraz słynny kaznodzieja Piotr Skarga, a słuchaczami m.in.: bratanek króla Stefana Batorego, Jerzy Ossoliński - późniejszy kanclerz wielki koronny i Maciej Sarbiewski -znakomity poeta. W kolegium jezuickim działał też od 1566 roku najstarszy w Polsce teatr szkolny - na jednym z przedstawień honorowym gościem był sam król Zygmunt III Waza.